Im Kampf gegen die Meister der Insel ist Perry Rhodan in der Vergangenheit gestrandet.
In der Gegenwart des Jahres 2404 bricht Rhodans Frau Mory Rhodan-Abro zu Reginald Bull ins Schrotschuss-System auf. Einer Analyse zufolge sollen die Barkoniden von nach Andromeda geflohenen Lemurern abstammen. Rhodan-Abro erhofft sich Hilfe von den Barkoniden und erhält von Bull die Erlaubnis mit dem Schiff Conrad Deringhouse nach Barkon zu fliegen. Mit dabei sind die Mutanten Betty Toufry und Kitai Ishibashi.
Auf dem 220.000 Lichtjahre entfernten Barkon befinden sich bereits fünfhundert Tefroder, die das Vertrauen der Barkoniden erworben haben. Mit der Technik der Meister der Insel haben sie in der Nähe Barkons eine rot-weiße Ursonne erschaffen. Mit Stoßimpuls-Generatoren soll der Planet Barkon durch die fünfte Dimension in die Milchstraße befördert werden. Für diese Hilfe haben die Barkoniden zugestimmt heimatlose Quallenwesen aufzunehmen. Sie wissen jedoch nicht, dass diese Wesen mit einer für Terraner tödlichen Seuche infiziert sind, die beim Eintreffen Barkons in der Milchstraße die Menschen vernichten soll. Bevor die Tefroder von den Terranern der Conrad Deringhouse überwältigt werden, können sie die Meister der Insel benachrichtigen. Die Barkoniden bestätigen die Positronikanalyse, wonach sie einst vor einer Gefahr geflohen seien.
Mit Offenbarung der Pläne der Tefroder, wird den Barkoniden bewusst, dass sie getäuscht wurden. Im letzten Moment bricht die Conrad Deringhouse auf, weil 30.000 Tefroder Barkon besetzen. Am Ende steuern die Barkoniden ihren Planeten in die Ursonne, weil sie ihre Freunde in der Milchstraße nicht durch die Seuche gefährden wollen. Mit den Barkoniden sterben auch die tefrodischen Truppen.

Mit Der Flug nach Barkon findet ein faszinierendes Volk der Perry Rhodan-Serie sein Ende. In späteren Heften (z. B. Perry Rhodan Nr. 1384) erfahren die Leser mehr über die Geschichte der Barkoniden, wird in dem vorliegenden Heft doch nicht alles verraten.
Auf dem Flug nach Barkon trifft die Conrad Deringhouse auf abgestorbene Luxiden, die in Heft 145: Armee der Gespenster, geschrieben von Clark Darlton, eine Rolle spielten. Terraner und Barkoniden sind nicht nur in Heft 32 und 275 aufeinander getroffen, sondern auch in der Nummer 95: Himmel ohne Sterne (von Clark Darlton), in dem Barkon von Unsichtbaren bedroht wird. Mit welcher Skrupellosigkeit die Tefroder und die Meister der Insel vorgehen, zeigt sich in Der Flug nach Barkon. Die Herrschaft der Meister der Insel endet mit dem Roman Am Ende der Macht (Perry Rhodan 299, von William Voltz). Insgesamt ist Clark Darltons Roman eine gelungene Erzählung als Weltraumabenteuer mit traurigem Ende.

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